Biblizou — Plugin QGIS

Biblizou génère automatiquement une base de données bibliographique via quatre modules principaux :

• FSD : Moissonnage automatique des données issues des Formulaires Standards de Données (FSD) des sites ZNIEFF et Natura 2000 intersectant l’aire d’étude choisie.

• TaxRef : Interrogation de l’API de l’INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel) pour extraire les référentiels taxonomiques officiels.

• BDC : Interrogation de l’API de l’INPN pour consolider les statuts de protection et de conservation des espèces.

• Botazou : Regroupement automatisé des espèces de la flore par affinités écologiques (analyses multivariées).

Navigation générale :

• Module FSD — Formulaires Standards de Données
  • Présentation
  • Flux de traitement
  • Architecture des classes de base
  • Volet Natura 2000
  • Volet ZNIEFF
  • Connexions WFS — WfsManager
  • Couches et GeoPackage produits
  • Référence des fichiers source
• Module TaxRef — Consolidation taxonomique
  • Présentation
  • Flux de traitement
  • Classes et utilitaires
  • Endpoint API TaxRef
  • Table produite
  • Référence des fichiers source
• Module BDC — Base de Données sur les statuts de Conservation
  • Présentation
  • Flux de traitement
  • Étape 1 — Requête API Statuts (StatusApiToTable)
  • Étape 2 — Enrichissement TaxRef (StatusJoinTaxref)
  • Étape 3 — Pivots par groupe (StatusPivotByGroup)
  • Tables et couches produites
  • Référence des fichiers source
• Interface utilisateur
  • Présentation générale
  • Dossier de travail
  • Onglet FSD
  • Onglet TaxRef
  • Onglet BDC Statuts
  • Comportement commun aux threads
  • Référence des fichiers source

Prérequis

• QGIS 3.x

• Extension Processing R Provider installée et activée via Extensions ‣ Gérer et installer les extensions.

Configuration de R

Le moteur R est indispensable au fonctionnement du module Botazou.

1. Accéder à Traitement ‣ Options ‣ Fournisseurs ‣ R.

2. Configurer le Dossier R pointant vers l’exécutable local (ex : C:\Program Files\R\R-4.x.x).

3. Configurer le Dossier de scripts R (ex : %APPDATA%\QGIS\QGIS3\profiles\default\processing\rscripts).

Note

Le script requis DcaToMembershipDf.rsx est automatiquement déployé dans ce répertoire lors de l’activation du plugin.

Installation

1. Télécharger ou cloner le dépôt.

2. Déplacer le dossier biblizou dans le répertoire des extensions QGIS :

   • Windows : %APPDATA%\QGIS\QGIS3\profiles\default\python\plugins

   • Linux : ~/.local/share/QGIS/QGIS3\profiles\default\python\plugins

3. Activer Biblizou dans Extensions ‣ Gérer et installer les extensions ‣ Installé.

Contribution

• Auteur : François Botcazou — francois.botcazou@proton.me

• Contributeurs : Max Tanquerel

Le projet est collaboratif. Vous pouvez participer via deux canaux :

• Workflow Git : Ouverture d’une Issue pour signaler un bug ou proposer une évolution, ou soumission directe d’une Pull Request (PR).

• Contact direct : Envoi de suggestions par e-mail si vous n’utilisez pas Git.

Références & Citations

• Baseflor : Julve, P. (1998-). Index botanique, écologique et chorologique de la flore de France. Institut Catholique de Lille (Extrait du 06/06/2026).

• FactoMineR : Lê, S., Josse, J. & Husson, F. (2008). FactoMineR: An R Package for Multivariate Analysis. Journal of Statistical Software, 25(1), 1-18.

• INPN : Référentiel TAXREF & Base de connaissances sur les statuts de conservation des espèces.

Indices et tables

• Index

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