.. Biblizou documentation master file
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Biblizou — Plugin QGIS
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Biblizou génère automatiquement une base de données bibliographique via quatre modules principaux :

- **FSD** : Moissonnage automatique des données issues des Formulaires Standards de Données (FSD)
  des sites ZNIEFF et Natura 2000 intersectant l'aire d'étude choisie.
- **TaxRef** : Interrogation de l'API de l'INPN (Inventaire National du Patrimoine Naturel)
  pour extraire les référentiels taxonomiques officiels.
- **BDC** : Interrogation de l'API de l'INPN pour consolider les statuts de protection
  et de conservation des espèces.
- **Botazou** : Regroupement automatisé des espèces de la flore par affinités écologiques
  (analyses multivariées).

.. toctree::
   :maxdepth: 2
   :caption: Navigation générale :

   Fsd
   Taxref
   Bdc
   Interface


Prérequis
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- QGIS ``3.x``
- Extension **Processing R Provider** installée et activée via
  :menuselection:`Extensions --> Gérer et installer les extensions`.


Configuration de R
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Le moteur R est indispensable au fonctionnement du module **Botazou**.

1. Accéder à :menuselection:`Traitement --> Options --> Fournisseurs --> R`.
2. Configurer le **Dossier R** pointant vers l'exécutable local
   (ex : ``C:\Program Files\R\R-4.x.x``).
3. Configurer le **Dossier de scripts R**
   (ex : ``%APPDATA%\QGIS\QGIS3\profiles\default\processing\rscripts``).

.. note::
   Le script requis ``DcaToMembershipDf.rsx`` est automatiquement déployé
   dans ce répertoire lors de l'activation du plugin.


Installation
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1. Télécharger ou cloner le dépôt.
2. Déplacer le dossier ``biblizou`` dans le répertoire des extensions QGIS :

   - **Windows** : ``%APPDATA%\QGIS\QGIS3\profiles\default\python\plugins``
   - **Linux** : ``~/.local/share/QGIS/QGIS3\profiles\default\python\plugins``

3. Activer **Biblizou** dans
   :menuselection:`Extensions --> Gérer et installer les extensions --> Installé`.


Contribution
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- **Auteur** : François Botcazou — francois.botcazou@proton.me
- **Contributeurs** : Max Tanquerel

Le projet est collaboratif. Vous pouvez participer via deux canaux :

- **Workflow Git** : Ouverture d'une *Issue* pour signaler un bug ou proposer une évolution,
  ou soumission directe d'une *Pull Request* (PR).
- **Contact direct** : Envoi de suggestions par e-mail si vous n'utilisez pas Git.


Références & Citations
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- **Baseflor** : Julve, P. (1998-). *Index botanique, écologique et chorologique de la flore
  de France*. Institut Catholique de Lille (Extrait du 06/06/2026).
- **FactoMineR** : Lê, S., Josse, J. & Husson, F. (2008). *FactoMineR: An R Package for
  Multivariate Analysis*. Journal of Statistical Software, 25(1), 1-18.
- **INPN** : Référentiel TAXREF & Base de connaissances sur les statuts de conservation
  des espèces.


Indices et tables
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* :ref:`genindex`
* :ref:`search`