Module FSD — Formulaires Standards de Données

Présentation 

Le module FSD automatise le moissonnage des données issues des Formulaires Standards de Données (FSD) des zonages naturels intersectant l’aire d’étude. Il traite deux référentiels complémentaires :

Natura 2000 : sites SIC (Sites d’Importance Communautaire) et ZPS (Zones de Protection Spéciale), dont les FSD sont publiés au format XML par l’INPN à l’adresse https://inpn.mnhn.fr/docs/natura2000/fsdxml/{zone_id}.xml.
ZNIEFF : inventaires de type I et II (Zones Naturelles d’Intérêt Écologique, Faunistique et Floristique), dont les fiches XML sont publiées à l’adresse https://inpn.mnhn.fr/docs/ZNIEFF/znieffxml/{zone_id}.xml.

Pour chaque référentiel, le module produit trois couches attributaires (sans géométrie) enregistrées dans un GeoPackage biblizou.gpkg, puis deux tableaux croisés dynamiques (pivots) facilitant la lecture bibliographique.

Note

Les étapes de téléchargement XML (NaturaDwlXml, ZnieffDwlXml) sont actuellement désactivées dans le workflow automatique. L’utilisateur doit déposer manuellement les fichiers XML dans le dossier de travail avant de lancer le traitement.

Flux de traitement 

Le module FSD est orchestré par FsdProcessingThread (biblizou_worker.py), un QThread PyQt5 qui enchaîne les étapes suivantes dans cet ordre :

Étape	Description	Classe / Fonction appelée
1	Configuration des connexions WFS INPN	`WfsManager.setup_wfs_connections()`
2	Chargement des couches WFS dans le projet	`WfsManager.load_wfs_layers()`
3	Extraction des descriptions ZNIEFF	`ZnieffXmlToLayerDesc`
4	Extraction des espèces ZNIEFF	`ZnieffXmlToLayerEsp`
5	Extraction des habitats déterminants ZNIEFF	`ZnieffXmlToLayerHab`
6	Extraction des descriptions Natura 2000	`NaturaXmlToLayerDesc`
7	Extraction des espèces Natura 2000	`NaturaXmlToLayerEsp`
8	Extraction des habitats Natura 2000	`NaturaXmlToLayerHab`
9	Tableau croisé espèces déterminantes ZNIEFF	`ZnieffPivotEspeces`
10	Tableau croisé habitats déterminants ZNIEFF	`ZnieffPivotHabitats`
11	Tableau croisé espèces Natura 2000	`NaturaPivotEspeces`
12	Tableau croisé habitats Natura 2000	`NaturaPivotHabitats`

Note

Les étapes de pivot (9 à 12) ne sont exécutées que si les étapes d’extraction correspondantes ont produit des données (flags _has_znieff_esp, _has_znieff_hab, _has_natura_esp, _has_natura_hab positionnés par le thread).

Le thread émet trois signaux PyQt5 :

progress(int, int, str) — numéro d’étape, total, libellé
log(str) — messages textuels
finished(str) / error(str) — résultat final

Architecture des classes de base 

Le module FSD repose sur deux classes abstraites mutualisées définies dans modules/base/.

DwlXml (`base/DwlXml.py`)

Classe abstraite gérant le téléchargement des fichiers XML depuis l’INPN. Elle s’appuie sur les couches WFS Patrinat déjà chargées dans le projet pour déterminer, par intersection spatiale avec l’aire d’étude, les identifiants de zones à télécharger.

Méthodes abstraites (à implémenter dans les classes enfants) :

Méthode	Rôle
`get_patrinat_layer_names() → tuple`	Noms des deux couches WFS Patrinat à rechercher dans le projet QGIS
`build_url(zone_id: str) → str`	Construction de l’URL de téléchargement pour un identifiant de zone

Méthodes concrètes mutualisées :

Méthode	Rôle
`run_with_path(reference_layer, folder_path)`	Point d’entrée : orchestre la recherche des couches, la sélection spatiale et le téléchargement
`find_patrinat_layers()`	Recherche les deux couches Patrinat par nom dans le projet QGIS
`selectionner_et_stocker(couche_source, liste_stockage)`	Sélection spatiale par intersection avec l’aire d’étude ; stockage des `id_mnhn`
`download_file(url, save_path, retries=3)`	Téléchargement HTTP avec retry exponentiel (1, 2, 4 secondes)
`execute_download()`	Lance la sélection spatiale sur les deux couches puis télécharge tous les XML

Sélection spatiale : la géométrie de la couche de référence (aire d’étude) est reprojetée dans le SCR de la couche WFS, puis une requête par boîte englobante filtre les candidats avant une vérification exacte d’intersection (intersects). Seuls les id_mnhn des entités intersectantes sont conservés.

XmlToLayer (`base/XmlToLayer.py`)

Classe abstraite gérant le parsing des fichiers XML et la création des couches QGIS. Elle suit le patron Template Method : le squelette du traitement est fixé dans les méthodes concrètes, les classes enfants n’implémentent que les quatre méthodes abstraites.

Méthodes abstraites :

Méthode	Rôle
`get_layer_name() → str`	Nom de la couche QGIS et du layer dans le GeoPackage
`get_xml_filter() → callable`	Fonction lambda filtrant les fichiers XML du dossier par nom
`process_xml_file(xml_path) → list`	Parsing d’un fichier XML ; retourne une liste de dictionnaires
`create_temp_layer(data) → QgsVectorLayer`	Création de la couche mémoire QGIS (sans géométrie) avec les champs appropriés

Méthodes concrètes mutualisées :

Méthode	Rôle
`run_with_path(folder_path)`	Point d’entrée : parcourt le dossier, crée la couche, sauvegarde et charge depuis le GPKG
`process_folder(folder_path)`	Liste les fichiers XML éligibles et appelle `process_xml_file()` sur chacun
`save_to_geopackage(layer)`	Délègue à `LayerUtils.save_to_gpkg()` ; met à jour le flag `gpkg_saved`
`load_from_geopackage()`	Charge la couche depuis le GPKG et la substitue dans le projet via `LayerUtils.replace_layer()`

Valeurs de retour de run_with_path() :

True — données trouvées, couche créée et chargée
None — aucune donnée dans le dossier (situation normale, sans erreur)
False — erreur technique

PivotLayer (`base/PivotLayer.py`)

Classe abstraite gérant la création des tableaux croisés dynamiques (format large) à partir des couches attributaires produites par XmlToLayer. Chaque colonne représente un site ; chaque ligne une espèce ou un habitat. La requête SQL est exécutée via une couche virtuelle QGIS (provider virtual).

Méthodes abstraites :

Méthode	Rôle
`get_source_layer_name() → str`	Nom de la couche source à lire dans le projet QGIS
`get_output_layer_name() → str`	Nom de la couche pivot à créer
`get_site_keys() → tuple`	Paire `(code_field, name_field)` pour extraire les sites depuis la couche source
`build_pivot_query() → str`	Requête SQL `SELECT … CASE WHEN … GROUP BY` complète

Méthodes concrètes mutualisées :

Méthode	Rôle
`run(gpkg_path)`	Orchestre le chargement de la source, la génération SQL, la création du pivot et l’export GPKG
`get_sites() → dict`	Extrait les paires `{code: nom}` uniques depuis la couche source
`create_virtual_layer(sql_query)`	Crée et substitue la couche virtuelle dans le projet
`export_to_geopackage(layer, gpkg_path)`	Sauvegarde persistante via `LayerUtils.save_to_gpkg()`
`col_alias(code, name) → str`	Génère l’alias de colonne au format `[CODE] - NOM_SANS_ACCENTS`

Nommage des colonnes : les accents sont supprimés (normalisation NFD) et le nom est mis en majuscules. Exemple : FR2500093 - BAIE DU MONT-SAINT-MICHEL.

LayerUtils (`base/LayerUtils.py`)

Classe utilitaire statique centralisant toutes les opérations sur les couches QGIS.

Méthode statique	Rôle
`get_layer(name) → QgsVectorLayer`	Retourne la première couche du projet correspondant au nom exact
`layer_is_ready(name) → bool`	Vérifie qu’une couche existe, est valide et contient des entités
`replace_layer(layer) → bool`	Supprime atomiquement l’ancienne version d’une couche et ajoute la nouvelle
`load_from_gpkg(gpkg_path, name) → QgsVectorLayer`	Charge un layer spécifique depuis un GeoPackage
`create_empty_gpkg(gpkg_path) → bool`	Crée physiquement un GeoPackage vide s’il n’existe pas
`save_to_gpkg(layer, gpkg_path) → tuple[bool, str]`	Exporte n’importe quelle couche (y compris virtuelle) dans un GeoPackage via `QgsVectorFileWriter`

Volet Natura 2000 

Téléchargement — `NaturaDwlXml`

NaturaDwlXml hérite de DwlXml et spécialise le téléchargement pour les sites Natura 2000.

Méthode implémentée	Valeur retournée
`get_patrinat_layer_names()`	`('Patrinat : SIC', 'Patrinat : ZPS')`
`build_url(zone_id)`	`https://inpn.mnhn.fr/docs/natura2000/fsdxml/{zone_id}.xml`

Filtre des fichiers XML lors du parsing aval : fichiers dont le nom commence par FR, se termine par .xml et comporte exactement 13 caractères (ex : FR2500093.xml).

Extraction des descriptions — `NaturaXmlToLayerDesc`

Parse les balises SITECODE, SITE_NAME et COMMENTAIRE/COMMENTAIRE_ROW de chaque fichier XML Natura 2000.

Couche produite : Natura_2000_Descriptions

Champ	Type	Description
`SITECODE`	String	Code officiel du site Natura 2000 (ex : `FR2500093`)
`SITE_NAME`	String	Nom du site
`QUALITY`	String	Valeur écologique et intérêt du site (balise `QUALITY`)
`VULNAR`	String	Vulnérabilités et menaces identifiées (balise `VULNAR`)
`HTML_POPUP`	String	Popup HTML stylisée pour l’affichage QGIS (couleur `#009999`)

setDisplayExpression("SITE_NAME") est appliqué après chargement depuis le GeoPackage.

Extraction des habitats — `NaturaXmlToLayerHab`

Parse les balises HABIT1_ROW de chaque fichier XML Natura 2000.

Couche produite : Natura_2000_Habitats

Champ	Type	Description
`SITECODE`	String	Code du site Natura 2000
`SITE_NAME`	String	Nom du site
`CD_UE`	String	Code habitat directive Habitats (ex : `6210`)
`LB_HABDH_FR`	String	Libellé français de l’habitat directive

Seules les lignes comportant au moins un code CD_UE ou un libellé LB_HABDH_FR sont retenues.

Extraction des espèces — `NaturaXmlToLayerEsp`

Parse les balises BIOTOP/SPECIES/SPECIES_ROW de chaque fichier XML. Cette classe fonctionne en mode hors-ligne (sans appel à l’API TaxRef).

Couche produite : Natura_2000_Especes

La couche comporte 43 champs correspondant à l’intégralité des balises SPECIES_ROW, dont les principaux :

Champ	Type	Description
`SITECODE` / `SITE_NAME`	String	Identifiants du site
`CD_NOM`	String	Code TaxRef de l’espèce
`NOM`	String	Nom scientifique
`TAXGROUP`	String	Groupe taxonomique (Oiseaux, Mammifères, etc.)
`ANNEXE_II`	String	Inscription à l’annexe II de la directive Habitats
`POPULATION`	String	Évaluation de la population sur le site
`CONSERVE`	String	État de conservation
`TENDANCE`	String	Tendance d’évolution de la population
`UUID_SPECIES`	String	Identifiant UUID de l’espèce dans la base INPN

Tableau croisé des habitats — `NaturaPivotHabitats`

Transforme Natura_2000_Habitats (format long) en tableau large avec un site par colonne.

Couche produite : Natura_2000_Habitats_Pivot

Colonnes fixes : CD_UE, LB_HABDH_FR
Colonnes dynamiques : une par site, nommée [SITECODE] - NOM_SITE
Valeur : 1 si l’habitat est présent sur le site, NULL sinon
Tri : par CD_UE croissant

Requête SQL générée (exemple simplifié) :

SELECT CD_UE, LB_HABDH_FR,
  MAX(CASE WHEN SITECODE = 'FR2500093' THEN 1 END) AS "FR2500093 - BAIE DU MONT-SAINT-MICHEL",
  MAX(CASE WHEN SITECODE = 'FR2500094' THEN 1 END) AS "FR2500094 - DUNES DE ..."
FROM "Natura_2000_Habitats"
GROUP BY CD_UE, LB_HABDH_FR
ORDER BY CD_UE

Tableau croisé des espèces — `NaturaPivotEspeces`

Transforme Natura_2000_Especes en tableau large.

Couche produite : Natura_2000_Especes_Pivot

Colonnes fixes : GROUPE (alias de TAXGROUP), CD_NOM, NOM
Colonnes dynamiques : une par site, nommée [SITECODE] - NOM_SITE
Valeur : 1 si l’espèce est présente, NULL sinon
Tri : par groupe puis par nom croissant

Note

La requête SQL référence la couche par son ID interne QGIS (layer.id()) plutôt que par son nom, afin d’éviter les conflits lorsque le nom contient des espaces ou des caractères spéciaux.

Volet ZNIEFF 

Téléchargement — `ZnieffDwlXml`

ZnieffDwlXml hérite de DwlXml et spécialise le téléchargement pour les inventaires ZNIEFF.

Méthode implémentée	Valeur retournée
`get_patrinat_layer_names()`	`('Patrinat : ZNIEFF1', 'Patrinat : ZNIEFF2')`
`build_url(zone_id)`	`https://inpn.mnhn.fr/docs/ZNIEFF/znieffxml/{zone_id}.xml`

Filtre des fichiers XML lors du parsing aval : fichiers se terminant par .xml, de 13 caractères, ne commençant pas par FR (convention ZNIEFF).

Extraction des descriptions — `ZnieffXmlToLayerDesc`

Parse les balises de description de chaque fichier XML ZNIEFF. Les fichiers peuvent contenir des balises <p> imbriquées dans les champs texte longs (TX_GENE, TX_GEO, TX_ACTH…) ; la méthode _rich_text() gère cette ambivalence.

Couche produite : Znieff_Descriptions

La couche comporte 39 champs, dont les principaux :

Champ	Type	Description
`NM_SFFZN`	String	Numéro national ZNIEFF
`LB_ZN`	String	Nom de la ZNIEFF
`TY_ZONE`	String	Type de zone (1 ou 2)
`SU_ZN`	Double	Superficie en hectares
`ALT_MINI` / `ALT_MAXI`	Double	Altitudes minimale et maximale
`DESCRIPTION`	String	Texte général de description (balise `TX_GENE`)
`TX_ACTH`	String	Activités humaines
`TX_MESPRO`	String	Mesures de protection
`TX_INTERET`	String	Intérêt du site
`DATE_CREA` / `DATE_MODIF`	String	Dates de création et de dernière modification
`ZNI_NM_SFFZN` / `ZNI_LB_ZN`	String	Identifiants de la ZNIEFF parente (balise `ZNI`)
`HTML_POPUP`	String	Popup HTML stylisée pour l’affichage QGIS

setDisplayExpression appliqué : coalesce(LB_ZN, '') || ' (' || coalesce(NM_SFFZN, '') || ')'

Note

Les champs numériques (SU_ZN, ALT_MINI, ALT_MAXI, PROF_MINI, PROF_MAXI, X_L2E, Y_L2E) font l’objet d’une conversion explicite _to_double() lors de la création de la couche, avec nettoyage des virgules décimales et des caractères parasites.

Extraction des espèces — `ZnieffXmlToLayerEsp`

Parse les balises ESPECE_PROJET_ROW et ESPECE_ROW des fichiers XML ZNIEFF.

Couche produite : Znieff_Especes

Champ	Type	Description
`nm_sffzn`	String	Numéro ZNIEFF (issu de la ligne espèce ou de la racine XML)
`lb_zn`	String	Nom de la ZNIEFF
`groupe`	String	Groupe taxonomique
`cd_nom`	String	Code TaxRef
`nom_complet`	String	Nom scientifique complet
`nom_vern`	String	Nom vernaculaire
`fg_esp`	String	Flag espèce déterminante (`D` = déterminante)
`fg_conf`	String	Flag de confidentialité
`origine`	String	Origine de la donnée

Extraction des habitats — `ZnieffXmlToLayerHab`

Parse les balises TYPO_INFO_ROW des fichiers XML ZNIEFF. Seuls les habitats déterminants (FG_TYPO = 'D') sont retenus.

Couche produite : Znieff_Habitats

Champ	Type	Description
`NM_SFFZN`	String	Numéro ZNIEFF
`LB_ZN`	String	Nom de la ZNIEFF
`LB_CODE`	String	Code de l’habitat (référentiel CORINE Biotopes ou autre)
`LB_HAB`	String	Libellé de l’habitat

Tableau croisé des habitats — `ZnieffPivotHabitats`

Transforme Znieff_Habitats en tableau large.

Couche produite : Znieff_Hab_Pivot

Colonnes fixes : LB_CODE, LB_HAB
Colonnes dynamiques : une par ZNIEFF, nommée [NM_SFFZN] - NOM_ZNIEFF
Valeur : 1 si l’habitat est présent, NULL sinon
Tri : par LB_CODE croissant

Tableau croisé des espèces déterminantes — `ZnieffPivotEspeces`

Transforme Znieff_Especes en tableau large, filtré sur les espèces déterminantes (fg_esp = 'D').

Couche produite : Znieff_EspDet_Pivot

Colonnes fixes : GROUPE, cd_nom, nom_complet, nom_vern
Colonnes dynamiques : une par ZNIEFF avec des espèces déterminantes, nommée [NM_SFFZN] - NOM_ZNIEFF
Valeur : 1 si l’espèce est déterminante sur cette ZNIEFF, NULL sinon
Tri : par groupe puis par nom_complet croissant

Note

La méthode get_sites() est surchargée dans cette classe afin de ne collecter que les sites ayant au moins une espèce déterminante (fg_esp = 'D'), réduisant ainsi le nombre de colonnes dans le pivot.

Comme NaturaPivotEspeces, la requête SQL référence la couche source par son ID interne QGIS pour éviter les conflits de nommage.

Connexions WFS — `WfsManager`

WfsManager configure dans le registre QGIS (QSettings) la connexion au service WFS de l’IGN/INPN (data.geopf.fr) et charge dans le projet les quatre couches de zonage utilisées comme référence spatiale par DwlXml.

Nom de couche dans le projet	Typename WFS
`Patrinat : ZPS`	`patrinat_zps:zps`
`Patrinat : SIC`	`patrinat_sic:sic`
`Patrinat : ZNIEFF1`	`patrinat_znieff1:znieff1`
`Patrinat : ZNIEFF2`	`patrinat_znieff2:znieff2`

Toutes les couches sont chargées en EPSG:3857. Une couche déjà présente dans le projet n’est pas rechargée (vérification par mapLayersByName).

Couches et GeoPackage produits 

Toutes les couches du module FSD sont des couches attributaires sans géométrie (provider "None" en mémoire, puis exportées en GPKG via QgsVectorFileWriter).

Nom de la couche / layer GPKG	Référentiel	Contenu
`Natura_2000_Descriptions`	Natura 2000	Descriptions qualité/vulnérabilité par site
`Natura_2000_Habitats`	Natura 2000	Habitats directive (format long)
`Natura_2000_Especes`	Natura 2000	Espèces directive (format long, 43 champs)
`Natura_2000_Habitats_Pivot`	Natura 2000	Tableau croisé habitats × sites
`Natura_2000_Especes_Pivot`	Natura 2000	Tableau croisé espèces × sites
`Znieff_Descriptions`	ZNIEFF	Descriptions des ZNIEFF (39 champs)
`Znieff_Especes`	ZNIEFF	Espèces (toutes, format long)
`Znieff_Habitats`	ZNIEFF	Habitats déterminants (format long)
`Znieff_EspDet_Pivot`	ZNIEFF	Tableau croisé espèces déterminantes × ZNIEFF
`Znieff_Hab_Pivot`	ZNIEFF	Tableau croisé habitats déterminants × ZNIEFF

Toutes ces couches sont enregistrées dans le fichier biblizou.gpkg situé dans le dossier de travail défini par l’utilisateur.

Référence des fichiers source 

Fichier	Groupe	Rôle
`modules/base/DwlXml.py`	base	Classe abstraite téléchargement XML
`modules/base/XmlToLayer.py`	base	Classe abstraite parsing XML → couche QGIS
`modules/base/PivotLayer.py`	base	Classe abstraite tableau croisé dynamique
`modules/base/LayerUtils.py`	base	Utilitaires couches QGIS et GeoPackage
`modules/WfsManager.py`	FSD	Connexions et chargement WFS INPN
`modules/NaturaDwlXml.py`	FSD	Téléchargement XML Natura 2000
`modules/NaturaXmlToLayerDesc.py`	FSD	Extraction descriptions Natura 2000
`modules/NaturaXmlToLayerHab.py`	FSD	Extraction habitats Natura 2000
`modules/NaturaXmlToLayerEsp.py`	FSD	Extraction espèces Natura 2000
`modules/NaturaPivotHabitats.py`	FSD	Pivot habitats Natura 2000
`modules/NaturaPivotEspeces.py`	FSD	Pivot espèces Natura 2000
`modules/ZnieffDwlXml.py`	FSD	Téléchargement XML ZNIEFF
`modules/ZnieffXmlToLayerDesc.py`	FSD	Extraction descriptions ZNIEFF
`modules/ZnieffXmlToLayerHab.py`	FSD	Extraction habitats déterminants ZNIEFF
`modules/ZnieffXmlToLayerEsp.py`	FSD	Extraction espèces ZNIEFF
`modules/ZnieffPivotHabitats.py`	FSD	Pivot habitats déterminants ZNIEFF
`modules/ZnieffPivotEspeces.py`	FSD	Pivot espèces déterminantes ZNIEFF
`biblizou_worker.py`	—	Orchestration des threads de traitement